Hola,
Antes de nada decir que el sustrato que traen "de serie" es de muy mala calidad y puede crear problemas a las raíces de nuestros arbolitos, que luego derivan en otros problemas, no se si eso podría ser una razón ya que lo que yo hago, que es lo que te recomiendo, es trasplantarlo en cuanto tengo un hueco para comprobar el estado de las raíces y ponerleun sustrato decentillo.
Otra razón podría ser que la calidad del agua no sea buena (que es lo que menos creo que pueda pasar).
El consejo más general que te puedo dar es que NO EXISTEN LOS BONSAIS DE INTERIOR, no es más que una estrategia comercial, por lo que sacalo a la ventana/balcón o lo que sea, pero que esté en exterior. Cuando se denomina "Bonsai de interior" es que si las temperaturas son muy bajas puede no aguantarlas bien, pero los bonsais son árboles a fin de cuentas, y los árboles se encuentran en el exterior.
Espero que te sirva de ayuda.