Si es un pino de vivero, de un palmo de altura, no creo que tenga demasiada raiz, y menos, raices muertas. Trasplántalo, como mucho, a un tiesto algo más grande, sin tocar las raices, bueno puedes cortar las puntas, pero solo las puntas de las tres o cuatro raices mas fuertes. El sustrato, que no sea más poroso que el que trae el cepellón, para no tener problemas con el riego. Y lo dejas al menos un año, cuando llegue la época de trasplante, lo sacas del tiesto, y le echas un vistazo a las raices, si ves que no están apelmazadas, le cortas otra vez las puntas, las abres un poco, y otro año al tiesto. Un árbol fuerte admite perrerias, pero tiene que estar fuerte, más adelante lo diseñarás.